Em épocas remotas existia apenas a pequena lagoa na área onde foi edificada a cidade. Em 1842, dois casais - cujos nomes não constam nos anais - chegaram à região, construíram casas e implementaram a agricultura e a pecuária. Parte daí a colonização do território. Algum tempo depois, outras famílias também começaram a se instalar na localidade. Os pioneiros desse processo colonizatório foram José Barbosa, Francisco José Santana e a família Maurício. Com a criação do município de Arapiraca, Lagoa da Canoa passou a integrá-lo na condição de povoado, mas com grande importância no contexto econômico, social e político. As fazendas decafé trouxeram emprego e renda. Além disso, servia como ponto de apoio na estrada que ligava Arapiraca aTraipu e Girau do Ponciano.
A sua evolução crescente culminou na elevação à categoria de município autônomo, em 28 de agosto de 1962, através da Lei nº 2.472. Desmembrado de Arapiraca, o novo município foi instalado oficialmente em 25 de janeiro de 1963.
Lagoa da Canoa é a cidade de nascimento do poeta Agnelo Rodrigues de Melo (pseudônimo Judas Isgorogota), do artista Virgílio Maurício, Hermeto Pascoal, do bispo Dom José Maurício da Rocha, do matemático Miguel Mauricio da Rocha e de Joana Gajuru (grande mestra de guerreiro).
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